Znak obce reflektuje především oba historické názvy lokality a jejich původ, tedy skutečnost, že se ve 14. století uvádí nejprve klášterec Doupno s dřevěnou kaplí sv. Máří Magdalény a posléze v 16. století pak zubří obora s budovou pro hlídače, která dala základ pozdější vsi a které se začalo říkat právě Nový Dům. „Tento symbolizuje obecná figura zubří hlavy ve spojení s heroldskou figurou volné krokve, jež představuje schématické znázornění domovního štítu. Název Doupno odvozený od slova doupě pak vyjadřuje již zmíněná zubří hlava a zelená barva štítu,“ vysvětluje autor znaku, známý heraldik Jan Tejkal.

Na kostel sv. Máří Magdalény pak odkazuje jeden z jejích typických atributů - latinský kříž, historickou příslušnost ke křivoklátskému panství Fürstenberků připomíná heroldská figura oblačného lemu.