Ještě než bylo vybudováno městské opevnění, byl obehnán obranou zdí, valy a příkopem a až do první poloviny 15. století byl tedy jediným místem možné obrany ve městě.

Za svoji existenci postihlo kostel několik neštěstí a chrám také několikrát změnil svoji podobu. Z původní vrcholně gotické podoby se dochoval pouze presbytář a část zdí lodi. Současný trojlodní vzhled získal hlavní rakovnický kostel na přelomu 15. a 16. století za vlády Vladislava Jagelonského. Za třicetileté války byl kostel opakovaně poškozen a vydrancován.

V druhé polovině 17. a v první polovině 18. století se chrám sv. Bartoloměje dočkal několika oprav a přístavků a změny se týkaly také interiéru. Do barokní podoby bylo upraveno i vstupní průčelí.

Jeho podoba je zachycena ještě v prvních snímcích Husova náměstí. Na nich je k vidění rovněž stará škola, která stála před kostelem již od pozdního středověku. V letech 1885 - 1896 ovšem došlo k rozsáhlým rekonstrukcím, které se dotkly nejen vnitřních prostor, ale i zevnějšku včetně vstupního průčelí. Jeho podobu navrhl již v roce 1892 známý pražský architekt a restaurátor Josef Mocker, jeden z nejvýznamnějších představitelů neogotiky, který byl v oblasti restaurátorství přísným zastáncem purismu. To se projevilo na přestavbě kostela, který byl očištěn od negotických pozdějších úprav. Vnitřek i zevnějšek kostela byl upraven do podoby, která odkazuje na vladislavskou gotiku, přibyly rovněž dvě točitá schodiště při západním průčelí i řada dalších doplňků. Na střechách byly vybudovány vikýře, sanktusník nad presbyteriem byl nahrazen nižší věžičkou.

Obměna se týkala i oken chrámu a v roce 1896 byla provedena i nová výmalba kostela včetně polychromování unikátní Rejskovy kazatelny.

Škola před kostelem byla v době započetí restaurátorských prací zbořena a východní část náměstí tak na konci 19. století získala zcela nový vzhled.