Ač byl kostel vybudován v pozdním 16. století, kdy se v českých zemích již několik desítek let stavělo v renesančním slohu, převládají u něj prvky pozdní gotiky. Autorem stavby byl italský stavitel Valentino. Krátce po svém vzniku byl truhlářem Krištofem vytvořen hlavní oltář ve tvaru archy.

Na přelomu 16. a 17. století byl kostel rozšířen směrem na západ na současných 22 metrů a Janem Cesarem byla v nové části vytvořena kruchta. Na konci 17. století získal kostel nový hlavní oltář a v polovině 18. století novou střešní krytinu z pálených tašek.

Kolem poloviny 19. století byla snesena původní klenba lodi a nahrazena plochým rákosovým stropem a také střecha byla opět nově pokryta a dále byla postavená nová osmiboká věžička. V roce 1884 udeřil do kostela blesk, a proto musel být jeho vnitřek opět obnoven. Dalších oprav se dočkal kostel Nejsvětější Trojice v roce 1904, kdy byly opravovány i další gotické památky města.

Po roce 1910 byla značně snížena střecha. Také malebná zvonice stojící v sousedství kostela za svoji existenci prodělala celou řadu oprav.

Jedna z nejvýznamnějších staveb svého druhu u nás vznikla současně s kostelem na šestibokém půdorysu. V nejširším místě je široká osm metrů a dřevěná střecha je umístěna na 2,3 metry vysoké podezdívce. Na konci 16. století, kdy byl do zvonice zavěšen nejtěžší zvon, dostala střecha nový arkýř.

Celkem má zvonice zvony tři, jmenovitě Ježíš, Marie a Josef. Před několika lety prodělala rekonstrukci, která zahrnovala vybudování drenáže, výměnu dřevěných šindelů, dále byly podchyceny základy a odvedena povrchová dešťová voda.